Le puissant comte Hugues de Dammartin, Seigneur d’Hescerent, possédait une église paroissiale près de son petit château comtal, sur le site dominant la rivière Oise.

Les Seigneurs s’étant un peu trop approprié les édifices religieux le Pape Grégoire VII les obligea à restituer ces édifices à l’Eglise. C’est dans ce contexte que Hughes de Dammartin rendit par la charte de 1081 l’église paroissiale d’Hescerent à son ami Guy, évêque de Beauvais, mais, en lui demandant de la remettre à la célèbre communauté de Cluny dont ils étaient proches tous les deux.

D’un autre côté, le seigneur Hugues de Dammartin, et plus tard les comtes de Clermont, très pieux, comme tous les gens de leur époque, ne vivaient pas en accord avec les recommandations de l’Église. Aussi, avançant en âge, ils avaient de plus en plus le souci de se faire pardonner leurs péchés et d’assurer leur avenir dans l’au-delà. Les moines représentant à leurs yeux les seuls intercesseurs auprès de Dieu, ils leur faisaient des dons : biens, terres, moulins, revenus, … En échange, au moment de leur mort, les moines récitaient des prières, leur assuraient une sépulture chrétienne et leur promettaient de dire des messes anniversaires pour perpétuer leur souvenir.

C’est pourquoi, dans la charte de 1081, Hugues de Dammartin ajouta à l’église paroissiale des dons permettant à l’abbaye de Cluny de construire un monastère près de cette église et de son château comtal. Les moines de Saint-Leu firent ainsi partie de la prestigieuse communauté bénédictine de Cluny, mais ils étaient aussi proches de seigneurs puissants appartenant à l’entourage du roi. Aux yeux des donateurs ils représentaient ce qu’il y avait de mieux pour apaiser leur conscience et satisfaire leur orgueil mais aussi ceux en qui ils pouvaient avoir confiance pour exaucer leurs vœux.

Rapidement, dès la fin du XI^e siècle les dons affluèrent et les revenus furent tels que les moines purent construire, après 1170, un ensemble digne d’un prieuré important dépendant directement de Cluny.

Ils commencèrent à appliquer sur la façade de l’église paroissiale romane le porche, la tribune et un premier clocher dont ils avaient besoin pour la liturgie clunisienne.

Vers 1140 le prieur Renaud de Haute-Pierre ayant des problèmes financiers fit appel au Comte Robert de Clermont, héritier des Dammartin qui par la charte de 1176 assura des revenus (en particulier il transféra la foire de Creil à Hescerent ce qui amena la création d’un pèlerinage dédié à Saint-Leu, d’où le nom de Saint Leu de Hescerent). Ces revenus permirent de reprendre les travaux et de construire une église digne de Cluny et des comtes de Clermont.

Le pillage du monastère en 1359 par les troupes anglaises, qui récidivent et incendient l’église en 1436, ainsi que les méfaits des guerres de religion en 1590 ont ruiné le prieuré qui ne s’en remettra pas. À la Révolution, les moines disparurent et les bâtiments furent vendus comme matériaux de construction. Prosper Mérimée, Inspecteur des Monuments Publics, découvrit Saint-Leu en 1838 et l’église fut classée « Monument Historique » en 1842. À partir de 1875 Selmersheim, architecte adjoint de Viollet-Le-Duc, entreprit d’importants travaux qui sauveront l’église.

Mais au cours du bombardement allié du 5 août 1944 une grande partie de l’édifice fut détruite. J.-P. Paquet, l’architecte chargé de la reconstruction, s’efforça de lui redonner, au plus près, son aspect d’origine.